在小智思考着小茂的问题时，天降暴雨，皮卡丘和小智一起躲雨。雨过天晴，皮卡丘跟着小智一起踏上无尽的旅途。 至此，以小智和皮卡丘为主角的冒险故事正式告一段落，但他们的冒险仍会继续下去。
在决战东乔治对战！小智对艾莉丝!!中，小智在东·乔治对战的决赛中与艾莉丝的龙头地鼠对战，皮卡丘先使用属性不利的十万伏特提高气势，然后与龙头地鼠进行激烈的对战。尽管属性不利，皮卡丘仍能使用巧妙的战术重创龙头地鼠，但最终仍败于龙头地鼠的真气弹，小智因此屈居亚军。
在雷文道馆！华丽的电击对战!!中，小智打算只用一只蓝蟾蜍打败小菊儿的所有宝可梦，让皮卡丘非常不满。在蓝蟾蜍和藤藤蛇被打败后，它大发脾气，最终小智迫不得已使用它作为最后一只宝可梦，并打败了小菊儿的电飞鼠及麻麻小鱼。 在吹寄道馆VS风露！空中决战!!中，小智在吹寄道馆派出皮卡丘与风露对战，它先引诱高傲雉鸡到最近距离，然后近距离使用铁尾，再使用电球把高傲雉鸡击败。
然后它与舞天鹅对战，虽然它使出强力的十万伏特，但没想到舞天鹅竟使用水流环保护自己，使电属性招式没有作用，皮卡丘也尝试使用铁尾但够不着。然后它与小智配合，利用吊环跳上空中并使用电光一闪，但最终仅仅攻击到舞天鹅，随后舞天鹅使用各种招式把皮卡丘击落并重创在地，虽然皮卡丘勉强地站了起来，但不久就不支倒下，小智随即扶起它并赞扬它战斗得很好，裁判也判皮卡丘失去战斗能力。
此外，皮卡丘在挫败火箭队的“暴风雨计划”中也表现活跃。它先吸收了雷电云的打雷，使艾莉丝免遭受攻击。然后它使用巨大化的电球打败火箭队及摧毁神殿，成功救出美洛耶塔。 皮卡丘使用异常巨大的电球 之后在桧垣大会上，小智在预选赛面对劲敌修帝时，派出皮卡丘对战修帝的君主蛇，在多回合较量后终于一雪前耻打败了君主蛇，帮助小智成功突围晋级正赛，也让修帝的桧垣大会之旅就此结束。
在8进4的比赛上，小智和虎彻相遇，皮卡丘在炒炒猪被大剑鬼打败后上场，依靠属性优势一番相持后接连打败了大剑鬼和舞天鹅，此后在面对利欧路时暂时被高傲雉鸡换下场；但利欧路在战斗中进化成了路卡利欧，皮卡丘压轴上场也没能阻挡路卡利欧的攻势，败下阵来，小智也就此止步桧垣大会八强。 不久后，它和小智一行人在帅哥、火箭队三人组、N、巴贝娜、荷莲娜的协助下打败了等离子队。
虽然它曾经被等离子队控制并暴走，但小智大喊着它的名字以试图使其恢复意识，最终小智的心意顺利传达给皮卡丘，使它挣脱了等离子队的控制，之后和小智一行人合力进行反击，终于挫败了等离子队的阴谋。 宝可梦 XY 之后，皮卡丘随着小智来到卡洛斯地区，和小智表现出了深厚的感情，迷幻之森……进化的黎明！中显示，皮卡丘因为小智的离开攻击威力下降，以至于火箭队觉得“这么弱的皮卡丘抓了也没用”而放弃抓捕，但是回到小智身边后皮卡丘的十万伏特又恢复了往日的威力。 在密阿雷大会决赛上，尽管小智最后没能战胜艾岚，但皮卡丘击败了艾岚的巨金怪和班基拉斯，表现优异。
宝可梦 太阳＆月亮 皮卡丘在阿罗拉地区是很受欢迎的宝可梦，这也使得小智的皮卡丘每次在外面都经常被人围观，不管是小朋友甚至是人高马大的电视台保安都会因为皮卡丘的可爱而很喜欢它。但是，皮卡丘在阿罗拉也遇到了一只非常仇恨它的宝可梦——武藏的谜拟丘，它每次见到皮卡丘就会不依不饶地和它打斗，甚至有时候已经完全不理会训练家的指挥，谜拟丘也因此让皮卡丘几度陷入危机。
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在阿罗拉！最初的岛屿和最初的宝可梦们!!里，皮卡丘和小智一起来到阿罗拉地区，并且在该集小智收到卡璞?鸣鸣所赠送的Ｚ招式手环后，皮卡丘在接下来的守护神卡璞?鸣鸣登场！挑战我们的Ｚ招式!!一集中使出了它的Ｚ招式终极伏特狂雷闪。 在霸主宝可梦是猫鼬探长！中，它打败了霸主猫鼬探长。 在Ｚ招式会成功吗！挑战大考验!!中，它在美乐美乐岛的大考验中打败了哈拉的铁掌力士，借此小智成功突破大考验。
在阿罗拉松饼竞跑大赛！中，皮卡丘与诺雅的雷丘争夺宝可梦松饼竞跑的冠军，但因最后一段被“穿着熊”干扰而发愣，被成也?大木的树枕尾熊反超，后者获得冠军。而皮卡丘和雷丘同时冲过终点而并列亚军。 在阿罗拉侦探洛托姆！消失的纯晶之谜!!
中，它跟随洛托姆图鉴寻找小智的电Ｚ的下落，被洛托姆图鉴视为助手，被称为皮卡丘老弟。皮卡丘似乎很怀疑洛托姆图鉴的假发（或是觉得洛托姆图鉴的假发很好玩），最终它从假发中找到了电Ｚ。 在猛烈的电击特训！再次挑战卡璞?鸣鸣!!中，皮卡丘与小智一起来到马玛内的家中进行特训。
在特训中，小智和皮卡丘释放了Ｚ力量，跑出了非常快的速度，把马玛内的转轮弄坏了，同时也吸引了暗中观察他们的卡璞?鸣鸣。之后卡璞?鸣鸣用电气叫出了皮卡丘并与它对战。在经历一番苦战后，小智与皮卡丘再次使出了终极伏特狂雷闪。之后皮卡丘险些摔下悬崖，但被卡璞?鸣鸣救下，对战也因此中止。 在小智与皮卡丘，二人的约定中，皮卡丘与小智来到宝物岛探险，两人分享了食物，并躺在沙滩上回忆起了往事。
当胆小虫偷走小智的食物时，皮卡丘夺回了食物。黄昏时，他们听到了奇怪的叫声，原来是一只胆小虫被困在了岩缝里。当小智想不到办法进去时，皮卡丘找来了阿罗拉的椰蛋树，用它的长脖子进入了岩缝。皮卡丘使用铁尾打碎了岩石，救出了胆小的胆小虫。
在莉莉艾，要好好疼爱皮卡丘哦中，皮卡丘被暂时交换给了莉莉艾。当皮卡丘发现莉莉艾因不敢接触自己而不敢上车时，它主动挪开了一段距离。