后来在莉莉艾的要求下，皮卡丘和詹姆斯的花舞鸟进行了对战。在取得胜利后，皮卡丘和克服了心理障碍的莉莉艾激动地抱在一起。而当互换结束后，皮卡丘在莉莉艾指挥下同小智和白滚滚进行一场对战。 在小智与小星云！奇妙的邂逅!!中，皮卡丘在小智的梦中见到了索尔迦雷欧和露奈雅拉以及小星云。但是因为洛托姆图鉴没能叫醒他们，皮卡丘和小智一起被火斑喵用尾巴扇脸打醒，它甚至还摔下楼梯撞到了额头。

之后，皮卡丘在和小智一起去学校的路上察觉到卡璞?鸣鸣的动向，追着它到了森林里，在草丛中找到了小星云。之后，皮卡丘也帮小智他们照顾小星云。 经历一系列事件后，因为露莎米奈被UB01：寄生物带入究极之洞，小智和同学们一起去拯救她，在闪耀吧，Ｚ强力手环！

超全力一击的千万伏特!!中，被进化成索尔迦雷欧的小星云带到究极深海的众人相继停下脚步应对露莎米奈的宝可梦们，只剩下皮卡丘和小智面对被虚吾伊德附体的露莎米奈，小智一开始试图让皮卡丘攻击虚吾伊德然后趁机将露莎米奈拉出来，但是没有奏效，之后莉莉艾及时赶到，唤醒了母亲的理智，但随即虚吾伊德吞噬了露莎米奈，格拉吉欧试图拖住它，并让小智使用Ｚ招式，这时小智的电Ｚ突然发生了变化，他的帽子也落到了皮卡丘头上，随后小智和皮卡丘一起使出了千万伏特，打败了虚吾伊德使它离开了露莎米奈，接着再次借助小星云的力量，他们安全地回到了日轮祭坛。 在洛托姆，停不下来的形态变化！

中，因为洛托姆图鉴和一只清洗洛托姆相遇引发了混乱，皮卡丘的尾巴被踩到而使出电击，使得两只洛托姆弄错了原本的电器，引发了一系列的混乱事件。最后在宝可梦中心，皮卡丘误以为洗衣机里的洛托姆要攻击他们而再次放电，使得两只洛托姆归回原位，但洛托姆图鉴又不小心触发了皮卡丘的电击，跑到了宝可梦中心的楼体当中。在末尾宝可问答的花絮中，皮卡丘在走出宝可梦中心大门时察觉到了异样，再次放电让洛托姆回到了图鉴当中。 在莉莉艾跳起来！宝可雪橇跳跃大赛!!

中，小智和皮卡丘一起参加宝可雪橇跳跃大赛，一开始他们的飞跃做得很好，但后面却变得不太顺利——练习时小智被皮卡丘的十万伏特电到，而比赛时他们使出的终极伏特狂雷闪使得雪橇反向飞行。

在超级决战！皮卡丘VS谜拟丘!!中，小智在超值超市旧址与火箭队对战，作为岛屿之王默丹给予的考验。武藏的谜拟丘与皮卡丘进行激烈对战，并使用Ｚ招式－亲密无间大乱揍重创皮卡丘，但让火箭队万万没想到的是皮卡丘学会了电网并保护自己，使谜拟丘的Ｚ招式不起作用，然后小智的电Ｚ再次变成智皮卡Ｚ，最终小智和皮卡丘使用Ｚ招式－千万伏特击败谜拟丘，并成功通过考验。

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在斩断疾风的闪电！其名为捷拉奥拉!!中，小智在上学的路上再次遇见卡璞?鸣鸣，于是派出皮卡丘与它对战，但没想到在对战的过程中被传送至究极大厦，并见到恶食大王。由于小智不小心踢到一块石头，石头发出巨大的声音，因此被恶食大王发现。

恶食大王对他们穷追猛打，小智只能带着皮卡丘逃走，但却发现走进了死胡同，皮卡丘只好与恶食大王对战，但招式却被恶食大王吃掉，小智尝试使用Ｚ招式但也未奏效，所幸捷拉奥拉前来击退恶食大王，使小智免遭攻击。之后，小智和皮卡丘见到捷拉奥拉的训练家迪亚，并与他对战，但最终被击败。而在去吧！友情的双重终极伏特狂雷闪!!中，它与捷拉奥拉合作，一起使出双重终极伏特狂雷闪，把恶食大王送回究极之洞。随后它再次与捷拉奥拉对战，但这次在对战中被传回至现实世界。

在岛屿女王诞生！

小智的大考验!!中，小智在波尼岛的大考验中使用皮卡丘与哈普乌的重泥挽马对战，尽管属性不利，且多次被重踏及地隆啸天大终结压制，皮卡丘最终还是战胜了重泥挽马，通过了大考验。 在不败的帝王古兹马!!中，小智在玛纳罗大会和古兹马的半决赛上，在炎热喵被具甲武者打败后派出皮卡丘上场，经过多回合较量后打败了具甲武者，从而帮助小智2比1战胜古兹马，和格拉吉欧会师决赛。 在决赛！

最强劲敌对决!!至诞生！阿罗拉的霸者!!中，小智在玛纳罗大会和格拉吉欧的决赛中，于美录梅塔被银伴战兽打败后派出皮卡丘上场，在多回合较量后打败了银伴战兽；之后面对伪装成鬃岩狼人的索罗亚克时，依靠电网和十万伏特解除了索罗亚克带来的幻觉，又使出十万伏特和铁尾与索罗亚克相持，最后在究极无敌大冲撞和无尽暗夜之诱惑对攻之后，和索罗亚克双双倒地失去战斗能力。

但是因为洛托姆图鉴没能叫醒他们，皮卡丘和小智一起被火斑喵用尾巴扇脸打醒，它甚至还摔下楼梯撞到了额头。之后，皮卡丘在和小智一起去学校的路上察觉到卡璞?鸣鸣的动向，追着它到了森林里，在草丛中找到了小星云。之后，皮卡丘也帮小智他们照顾小星云。

经历一系列事件后，因为露莎米奈被UB01：寄生物带入究极之洞，小智和同学们一起去拯救她，在闪耀吧，Ｚ强力手环！