次年（1861年），刘长佑继续执行清剿任务，特别是针对柳州一带活跃的土匪集团。他派遣自己的族叔刘坤一领导这次行动，最终成功消灭了当地的土匪势力。同年，他还调集大量水陆联合作战部队，对两广天地会所建立的“大成国”政权发动攻势。这次战役中，刘长佑表现得极为果敢，亲自指挥作战，最终摧毁了这个自立政权，并杀死了其领导人陈开。此次胜利不仅巩固了清朝政府对该区域的控制权，也为刘长佑赢得了更高的声望。

三、得罪罢职

同治六年（1867年），直隶地区遭受了严重的旱灾，饥荒肆虐，民生凋敝。在这样的背景下，盐山、静海两地的盐民，在张六的领导下，与当地饥民联合起来发动起义，迅速得到了周边十几个州县的支持。这场起义很快蔓延到了天津、河间、保定三府各属地，甚至威胁到了京师的安全。清廷对这一突发情况感到震惊，并紧急命令时任直隶总督的刘长佑“先办土匪，缓赴河防”，这意味着他必须立即放弃对捻军的追击，转而全力镇压这次盐民起义。

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面对突如其来的挑战，刘长佑迅速调整战略，将主要精力投入到平息盐民起义上。然而，起义军采取了灵活多变的战术，他们避实击虚，不断转移战场，先后出现在广平、曲周、干乡、清苑、安州、永清、霸州等地。为了应对这种情况，刘长佑亲自前往正定督战，试图通过集中兵力来捕捉起义军的动向。但是，起义军并没有因此停下脚步，而是继续向北进军，一度逼近涿州、永清、霸州等靠近京畿的重要区域。

针对起义军行动飘忽不定的特点，刘长佑从直隶练军中挑选出两千名精壮骑兵，专门用于追踪和拦截起义军。同时，他还部署步兵严密控制各个交通要道，以防止起义军进一步扩散。正当局势似乎逐渐被控制住的时候，清廷却突然于同年十一月下令，以刘长佑镇压起义“日久无功”为由将其革职，交由署理总督王佳·官文差遣，并要求刘长佑继续带领部队自效。尽管如此，刘长佑仍然坚持完成了他的任务，在几天后彻底平定了这次起义。

对于刘长佑突然被免职一事，曾国藩表示非常惊讶。他在给好友郭崑焘的信中提到：“直隶枭匪存着无几，而官相（指官文）倾有署直隶之信，不知印渠（刘长佑）何故开缺。近日厚（杨岳斌）、霞（刘蓉）、筠（郭嵩焘）、沅（曾国荃）次第去位，而印复继之，吾乡极盛，固难久也，思之悚惕。”这段话不仅表达了对刘长佑遭遇的同情，也反映了当时湘军系统出身官员面临的困境。事实上，刘长佑被免职背后隐藏着更深层次的政治考量——清廷希望通过打压湘军背景的官员来重新平衡朝中的权力结构。

卸任后的刘长佑返回湖南老家休养，但朝廷并未完全冷落这位曾经立下汗马功劳的老臣。不久之后，刘长佑被授予三品顶戴，随后又晋升至二品顶戴。

四、建节滇南

同治十年（1871年），刘长佑被重新起用，任命为广东巡抚。不久之后，他又调任广西巡抚，负责处理该地区的行政与安全事务。到了光绪元年（1875年），刘长佑的才能得到了进一步的认可，被补授为云贵总督，这标志着他职业生涯的一个新高峰。作为云贵总督，刘长佑不仅承担了治理云南和贵州两省的重任，还肩负起了加强西南边防、抵御外来侵略的重要使命。