同年十一月，乾隆帝命令阿里衮挑选三千匹马和七百只骆驼，增援正在攻打阿克苏的定边将军兆惠。由于兆惠在叶尔羌的攻势受阻，乾隆帝紧急任命富德为定边右将军，阿里衮则被指派为参赞大臣，负责支援兆惠。在经历了艰难的战斗后，阿里衮最终成功地完成了任务，并因此被晋升为兵部尚书和正红旗蒙古都统。

乾隆二十四年（1759），阿里衮与富德共同参与了对霍集占的决战。在这场战役中，阿里衮利用夜间分兵突袭的方式，成功地突破了敌军防线，迫使霍集占与其兄布拉呢敦撤退。之后，阿里衮率军追赶叛军，迫使霍集占逃往巴达克山。在巴达克山，阿里衮继续追击，最终迫使当地首领献出霍集占的首级。

此次胜利不仅稳固了清廷对西域地区的控制，也为阿里衮赢得了更多的荣誉。乾隆帝特别嘉奖了他在战役中的表现，不仅授予他双眼花翎，还将他的儿子拜唐阿丰升为蓝翎侍卫，并提升其子丰升额为三等侍卫。

乾隆二十五年（1760），阿里衮被召回京师，并被授予领侍卫内大臣的职务。同年十月，他在喀什至叶尔羌的路上，遇到了雅木扎尔回酋迈喇木煽动的叛乱。面对突发状况，阿里衮迅速组织力量，击败了叛军，并成功捉拿迈喇木，将其押解至京师。

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三、官居大学士

乾隆二十六年（1761）十一月，阿里衮被任命为礼部尚书的代理职务，这意味着他在中央政府的地位进一步提升。礼部作为主管礼仪、祭祀、科举考试等重要事务的部门，其尚书一职的重要性不言而喻。紧接着在同年十二月，阿里衮又被任命为经筵讲官，负责向皇帝讲解经史典籍，这不仅表明了乾隆帝对他的高度信任，也体现了他在学术上的造诣。

乾隆二十七年（1762），阿里衮的仕途继续上升，他被任命为御前大臣，同时还兼任上驷院卿。御前大臣是皇帝身边的重要职务，直接服务于皇帝，参与决策，而上驷院则负责皇家马匹的饲养和管理，这两项职务均显示出他在朝廷中的重要性与影响力。

乾隆二十八年（1763），阿里衮又增加了新的职责——兼管满洲火器营大臣，这表明他在军事领域的地位进一步加强。同时，他还在六月被临时委派为陕西巡抚，负责该省的行政管理。同年十月，他被授予太子太保的荣誉头衔，这是对他在教育和培养储君方面贡献的认可。

到了乾隆二十九年（1764），阿里衮正式担任户部尚书，并被任命为协办大学士。户部作为主管财政的大臣，对国家经济至关重要，而协办大学士则是内阁中的高级职位，协助处理国家大事。这一连串的晋升，显示了乾隆帝对阿里衮治理能力的高度评价。

乾隆三十年（1765），阿里衮再次被赋予重任，兼任礼部事务，这意味着他不仅要处理复杂的财政事务，还要兼顾国家的礼仪制度和社会秩序。