崇祯二年（1629年）十月，皇太极再次动员后金与蒙古大军西征，但最终选择了攻打明朝，导致了己巳之变。

此时，林丹汗与明朝的关系也日益恶化。他西迁的一个重要目标是获得右翼所拥有的“市赏”，但明崇祯帝即位后取消了这些赏赐，林丹汗派去索要赏赐的大臣贵英恰被明军杀害。因此，林丹汗于崇祯元年（1628年）六月大举入侵大同，屠杀明朝军民数万人，几乎攻占了大同城。明朝原本希望通过右翼诸部抵御林丹汗，但在崇祯元年底时右翼地区已被林丹汗平定。明朝不得不于次年恢复“市赏”，以期缓和与林丹汗的关系。尽管如此，由于“塞外霜早，颗粒无收兼厉疫盛行”，林丹汗的实力受到了极大的削弱，兵员严重减少。即便如此，林丹汗仍在崇祯四年（1631年）和崇祯五年（1632年）侵犯明朝边境。

在与后金和明朝的对抗之外，林丹汗还继续打击其他蒙古部落。从崇祯二年（1629年）开始，他进军漠北蒙古，击破了当时风头正盛的外喀尔喀右翼的和托辉特部（阿勒坦汗王朝），迫使和托辉特部于崇祯四年（1631年）向俄国求援。林丹汗还杀害了漠北外喀尔喀诸部派到右翼的使者，引起了漠北诸部的恐慌。同年十一月，林丹汗东征西拉木伦河，奇袭已降金的阿噜科尔沁部达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众。皇太极亲自率领2000名精锐骑兵赶来，但林丹汗早已撤离。

八、赍志以殁

林丹汗西迁以来，虽然取得了一些军事胜利，但他的行动也使得他与大多数蒙古封建主之间的关系恶化，陷入了孤立无援的境地。漠西和漠北原本就不臣服于林丹汗，而漠南诸部在他的打击下纷纷向东投奔后金。皇太极一心想要除掉林丹汗，崇祯四年（1631年）四月就已经准备讨伐林丹汗，但在科尔沁部首领奥巴的劝说下推迟了行动。

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崇祯五年（1632年）初，奥巴听说林丹汗准备攻打自己在北边的亲族孛罗科尔沁，于是转变态度，怂恿皇太极讨伐林丹汗。三月，皇太极组织了第二次对察哈尔的大规模远征，并传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。四月，科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉在西拉木伦河岸会师，总兵力据说达到了10万。镶黄旗的两名蒙古人偷马逃出，将大军逼近的消息报告给了林丹汗。当时林丹汗驻扎在归化城，得知消息后非常震惊，命令可以携带二牛以上的部众全部跟随他北迁。

皇太极率军一路追踪林丹汗的动向。四月二十三日，行至都勒河（今内蒙古正蓝旗北境），从一名察哈尔人那里得知林丹汗已经逃到了北面的库黑得勒苏。皇太极又率军朝西北达里冈爱方向进发，一直行至布龙图地方（今内蒙古苏尼特左旗境内）。五月初十日，从前哨劳萨那里获悉林丹汗已经无法追击，便决定先夺取察哈尔部民，掉头南下，于五月二十七日进入归化城，俘获了察哈尔余部及当地汉人五千五百余人。在与明宣大边臣议和并交易后东归，途中收拢了林丹汗所遗部众数万人。

林丹汗此时正兵分两路，远征漠北的茂明安部和阿巴噶部。他的东路军于七月初七日遭到茂明安、阿巴噶人的伏击而溃败，但西路军未受损失，驻扎在克鲁伦河，与茂明安、阿巴噶人对峙。之后发生了内乱，林丹汗于崇祯六年（1633年）三月重返大同边外的大青山，并派人向明朝“索赏”，但明朝并未给予。林丹汗便在当年五次攻掠明边。

崇祯七年（1634年），林丹汗连续在三、四、五月出兵，都是为了获得粮食。当时林丹汗部众缺少粮食，甚至到了“杀人以食”的地步，大批臣民投奔明朝或后金。五月下旬，林丹汗出现在张家口边外，派人向明朝“索赏”，随后率众迁走。其目的地是藏区，因为他在外喀尔喀的盟友朝克图台吉（却图汗）已经征服青海，所以他准备去藏区与朝克图台吉及西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉结盟，因为他们都不信仰黄教，所以被称为“反黄教联盟”。

然而，林丹汗还没有走到青海，就在崇祯七年（1634年）八月感染了天花，死于西拉他拉大草滩（今甘肃天祝藏族自治县境内），结束了他的一生。

九、后代降金

林丹汗病故后，其遗下的部落无人管理，陷入了混乱状态。林丹汗的遗孀们以及他的儿子额哲率领剩余部众返回了河套地区。此时，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，邀请他移帐至漠北。

崇祯八年（1635年）二月，皇太极命令多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格率领一万兵马第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到了林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），从她那里得知了额哲的所在位置。四月二十日，后金军渡过黄河，并于四月二十八日在大雾的掩护下包围了额哲的营帐。后金军派遣苏泰之弟南楚前去劝降。额哲和他的母亲苏泰福晋随后出降后金。这一事件标志着北元正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部纳入后金的版图。

额哲投降后，还向后金献上了所谓的传国玺。皇太极得到传国玺后，被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻臣汗”。基于这一事件，皇太极于翌年建立了大清王朝。

察哈尔部被清廷安置在义州（今辽宁义县），并被分为八旗，左右翼各领四旗。额哲被封为亲王，并娶了清太宗皇太极的次女固伦温庄长公主马喀塔。清崇德六年（1641年），额哲病故，其弟阿布鼐接替他掌管察哈尔，并于清顺治二年（1645年）迎娶了额哲的遗孀马喀塔。

康熙十四年（1675年），布尔尼举兵反清，但很快就被镇压下去，林丹汗的后裔也因此断绝。

结语

林丹汗的一生充满了波折与挑战，他不仅是蒙古帝国最后的辉煌，也是蒙古与后金之间复杂关系的缩影。尽管他未能实现统一蒙古各部的目标，但他对蒙古历史的影响是深远的，标志着一个时代的结束。