蒙古军队抵达沈阳城下并与守城的后金士兵交战，但因担心努尔哈赤的援军到来，很快就撤退了。八月，内喀尔喀五部以一万头牲畜作为赎金，从努尔哈赤那里赎回了宰赛。这一失败不仅削弱了林丹汗在蒙古诸部中的威望，也让他意识到与后金对抗并非易事。

努尔哈赤在占领沈阳后，计划进一步占领广宁。当时明朝的广宁巡抚王化贞非常信任林丹汗，相信林丹汗能够出兵四十万相助，并承诺给予林丹汗一万两白银的奖励。然而，辽东经略熊廷弼则认为不应过分依赖蒙古力量，主张加强明军自身的实力。

天启二年（1622年）正月，努尔哈赤发动了对广宁的大规模攻势。王化贞仓皇逃离广宁，而林丹汗先期派出了一万军队支援广宁，另有两万军队因为雪阻未能及时到达。当林丹汗的援军赶到时，广宁已经落入努尔哈赤之手。

林丹汗的军队随即转而守卫山海关，并继续与明朝协商夺回广宁后的赏赐事宜。明朝为安抚林丹汗，预计的花费达到了百万两白银之巨。尽管如此，明朝并不寄希望于林丹汗能够有效地牵制后金。例如，袁崇焕曾评价林丹汗虽有数十万兵力，但在纪律性上远不及努尔哈赤的军队，因此他建议林丹汗不要与后金进行正面交锋。

五、内部纷争

广宁之战之后，后金对明朝的攻势暂时放缓，而蒙古内部的矛盾开始显现。林丹汗对内喀尔喀与后金之间的通婚和结盟感到忧虑。他指责管理左翼三万户的大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉没有妥善管理，甚至怀疑他与努尔哈赤有秘密联系。这加剧了蒙古内部的分化。

天启二年（1622年）二月，锡尔呼纳克杜棱洪台吉带领三千多户投奔辽阳城，归顺了努尔哈赤。随后，内喀尔喀的其他部族也开始陆续投奔后金。与此同时，乌珠穆沁部的翁衮都喇尔子多尔济车臣济农和他的叔侄塞棱额尔德尼台吉因与林丹汗不和，率领部众投奔了漠北外喀尔喀。苏尼特部的素塞巴图噜济农、浩齐特部的策凌伊尔登、阿巴噶部的都思噶尔札萨克图济农等也离开了林丹汗，投奔了漠北。

此外，林丹汗与蒙古诸部之间的贸易关系也出现了问题，他的货物被喀喇沁部多次劫夺，而喜峰口插赏贸易的份额也被侵占。这些事件进一步削弱了林丹汗的权威。

面对蒙古内部的危机，林丹汗决定首先解决内部不服从的部族问题。他认为：“南朝止一大明皇帝，北边止我一人，何得处处称王？”这意味着他当务之急是要统一蒙古。内喀尔喀五部虽然与努尔哈赤结盟，但仍与明朝保持联系，并且拒绝断绝与察哈尔的关系。为此，努尔哈赤于天启三年（1623年）四月对内喀尔喀发动了惩罚性的攻击，杀死了扎鲁特部的台吉昂安。内喀尔喀盟主卓里克图试图与林丹汗联合复仇，但林丹汗并未积极响应，反映出他不愿意直接与后金对抗，而是专注于内部稳定。

林丹汗最大的内部挑战来自于奥巴台吉领导的科尔沁部，该部与后金的关系日益密切，并于天启四年（1624年）正式与努尔哈赤结盟。同年十月，林丹汗派绰尔济喇嘛与奥巴谈判，但没有达成一致。随后，林丹汗率军征讨科尔沁部，奥巴向后金求援。努尔哈赤派兵五千支援，但实际上并没有真正保护科尔沁部。得知后金出兵的消息后，林丹汗不愿与后金直接冲突，于是撤退，解除了对科尔沁的威胁。

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天启六年（1626年）春，后金在宁远之战中失利，对内喀尔喀的支持明朝的行为表示不满，于是第二次讨伐内喀尔喀。内喀尔喀被打得溃不成军，其领袖卓里克图在西拉木伦河遇到林丹汗。林丹汗严厉批评卓里克图对其不忠以及内喀尔喀在明朝和后金之间摇摆不定的态度，并趁机吞并了卓里克图的余部。同年八月，努尔哈赤去世，皇太极继承后金汗位。皇太极以扎鲁特部多次劫杀后金使臣为由，第三次讨伐内喀尔喀。林丹汗再次趁机攻击内喀尔喀残部，进一步削弱了内喀尔喀的力量，使其几乎土崩瓦解，只剩下巴林部和扎鲁特部。

六、西迁右翼

在科尔沁部加入后金阵营以及内喀尔喀五部被严重削弱之后，皇太极开始向林丹汗的察哈尔部施加压力。察哈尔部的八个鄂托克中，奈曼和敖汉部处于林丹汗和皇太极势力的夹缝之中，它们试图充当调停者的角色。天启七年（1627年）初，奈曼和敖汉派绰尔济喇嘛前往沈阳与皇太极议和。皇太极不仅暗示奈曼和敖汉归顺后金，还要求直接与林丹汗通使。

林丹汗得知奈曼和敖汉与后金通款的事实后，不仅没有理解他们的立场，反而决定讨伐这两部。奈曼和敖汉不堪林丹汗的压力，于天启七年（1627年）六月背叛林丹汗，归附后金，并与皇太极订立盟誓。

在这种情况下，林丹汗被迫选择西迁。西迁的原因主要有以下几点：首先，他在左翼地区已经失去了众多盟友的支持，加之后金势力日益壮大，迫使他不得不寻找新的生存空间；其次，他试图利用右翼地区力量较弱的机会，兼并诸部，恢复蒙古大汗的地位；第三，察哈尔部与明朝贸易的重要据点广宁已经失陷，林丹汗希望通过兼并右翼诸部来控制明朝给予右翼的丰厚贸易权益。

天启七年（1627年）十月，林丹汗率领数万众离开辽河套，开始西迁。他留下多罗特部留守故地。西迁过程中，林丹汗迅速击败了宣府、蓟州边外的喀喇沁部以及宣府、大同边外的土默特部，在右翼地区站稳脚跟。经过几场战役，如赵城之战、埃不哈之战等，林丹汗在崇祯元年（1628年）底基本平定了右翼地区，驱逐了顺义王卜失兔（土默特俺答汗之孙），并废除了代表大汗管理右翼的世袭官职济农额璘臣。随着林丹汗的胜利，右翼诸部相继归附了后金。

另一方面，留在辽河套的察哈尔部也开始瓦解。奈曼、敖汉两鄂托克已经投靠后金，阿喇克卓特也紧随其后降金。浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特三鄂托克则北上投奔了漠北外喀尔喀硕垒台吉（后来的车臣汗）。

七、四面对敌

崇祯元年（1628年）二月，皇太极率领后金军在敖木林歼灭了多罗特部。五月，他又派济尔哈朗和豪格再次前往敖木林，清剿古泰塔布囊等察哈尔残部。这些行动导致后金兼并了察哈尔故地。同年九月，皇太极听信了喀喇沁贵族提供的错误情报，认为林丹汗已经在赵城被击溃，于是组织了第一次对察哈尔的大规模远征。然而，由于科尔沁部的不配合，后金军只在追至兴安岭并收服了一些察哈尔余众后就折返，未与林丹汗正面交战。