九月十二日，清廷命令刘永福留在台湾。刘永福视察了基隆、沪尾和澎湖的防务，并于九月二十三日拜见了新任台湾巡抚唐景崧，提议自己带兵防守台北，但遭到拒绝。九月三十日，唐景崧安排刘永福防守凤山东港至恒春一带，即台南府南部沿海，限制其活动范围。同年冬天，两江总督张之洞打算调刘永福北上上海防守，刘永福借此机会向总理衙门申诉自己在台湾受到排挤的情况，请求增兵增饷，但这些安排最终未落实。

光绪二十一年（1895年）正月，北洋水师全军覆没，日军越过辽河，逼近山海关。张之洞打算将刘永福调至京畿抵御日军，唐景崧同意。但不久后，日军军舰出现在澎湖海域，唐景崧决定加强台南防守，叫停了调刘永福北上的计划。张之洞于二月二十三日分别致电唐景崧和刘永福，劝两人以大局为重。四天后，日军占领澎湖。三月二十三日，《马关条约》签订，中国将台湾和澎湖列岛割让给日本。刘永福闻讯后，誓言抗日保台。

五月二日，唐景崧在台湾士绅的支持下成立了抗日政权“台湾民主国”，自任总统，刘永福被任命为大将军。五月九日，因台湾镇总兵万国本内渡，唐景崧命刘永福暂代此职。刘永福返回台南，不久后台北被日军占领，唐景崧及其官员纷纷内渡，日本军舰在台南安平海域侦察。刘永福致电闽浙总督边宝泉请求“暗助”，边宝泉联系张之洞，张之洞表示“任其自为之”。

刘永福接到了伪托张之洞名义的电文，要求他坚守两个月，援兵即可至。刘永福受此伪电鼓舞，将其公告台南，民众士气大振，誓死抵抗。随后台南绅民推戴刘永福为“台湾民主国”总统，但他拒绝，仍以帮办台湾军务、南澳镇总兵、署台湾镇总兵的身份领导抗战。

小主，

闰五月初七日，刘永福与台南文武官吏一百余人歃血为盟，约定他为抗日保台的盟主，誓言与日本战至台湾最后一寸土地。台中知府黎景嵩告急求援，刘永福派易顺鼎带三营兵力驰援台中，但易顺鼎中途变卦，刘永福送他登船内渡。七月四日，刘永福收到日本首任台湾总督桦山资纪的劝降信，刘永福严词拒绝，并誓言恢复台北。然而，抗战局势日益恶化，苗栗、大甲溪接连失守，吴彭年与台湾义军退守彰化。刘永福派兵增援，但八卦山炮台失守，吴彭年、吴汤兴、李士炳力战阵亡，残兵退守嘉义。日军逼近台南，刘永福亲赴前线部署，后在谋士吴桐林建议下返回台南坐镇，派杨泗洪率军抗敌。杨泗洪围攻日军前锋，日军亦受重创，退回彰化，王德标趁机收复云林。此时，日军内部疾病流行，近卫师团长北白川宫能久亲王病逝。刘永福与日军以浊水溪为界，对峙约一个月

八、退回大陆

光绪二十一年（1895年）闰五月，易顺鼎被刘永福遣回大陆，试图请求张之洞等督抚为刘永福提供军械支援，但均遭拒绝。只有张之洞手下的道员恽祖祁等人筹集了一部分款项。七月二十七日，易顺鼎带着筹到的6000两银子抵达台南，但这对于急需军火和物资的台湾抗日军民来说，无疑是杯水车薪。刘永福对此大失所望，加之与易顺鼎在诸多事务上的意见不合，易顺鼎在十天后返回大陆。易顺鼎没有能够为台湾抗日军民带来期望中的军械支援，严重打击了抗日军民的斗志。紧接着，吴桐林也前往大陆寻求军饷，结果同样无功而返。

此时，日军第二师团长乃木希典率领约人的大军增援台湾，加上日本方面收买了台南的汉奸胥吏高慧等人，对刘永福的底细及布防情况了如指掌，使得台南的陷落几乎成为定局。

八月十五日，嘉义保卫战打响，但在日军近卫师团的强大攻势下，嘉义于二十日失陷。与此同时，日军的其他两路部队也开始行动：一路是第二师团的混成第四旅团于八月二十二日从澎湖登陆布袋嘴港；另一路是第二师团的主力及混成第三旅团，同样在八月二十二日从澎湖登陆恒春东港、枋寮之间。在三路日军的夹击之下，台南的局势岌岌可危。

在这个关键时刻，刘永福在儿子刘成良和英国驻台南领事欧思讷的劝说下，决定离开台湾。欧思讷在八月二十二日将刘永福写给桦山资纪的信交给驻扎澎湖的南进军司令官高岛鞆之助，要求日军不得伤害百姓，并且必须厚待自己和部下，以便顺利内渡。然而，高岛鞆之助认为刘永福的言辞过于傲慢，于翌日复信拒绝，并要求刘永福亲自前来日军大营乞降。同时，刘永福还请英国人向近卫师团递交自己的信件，要求停战议和，然后再内渡，但同样遭到拒绝，并被要求投降。刘永福被激怒，继续坚持抗战。

八月二十八日，日军第二师团的主力及混成第三旅团占领凤山县，混成第四旅团先后在王爷头、曾文溪与台湾军民激战。到九月初二日，徐骧阵亡，王德标失踪。易顺鼎一直建议刘永福效仿历史上的人物如王保保、李定国，退入台湾内山（中央山脉）展开游击作战。但此时台南已经弹尽粮绝，人心惶惶，刘永福在九月初三日带着儿子刘成良等十余人乘坐英国商船“多利士”号内渡。翌日，刘永福抵达厦门，虽然乘客遭到日军盘查，但刘永福幸运地未被发现。最后他另雇小艇，从轮船上吊着落艇，得以平安上岸。就在他抵达厦门的当天，日军占领了台南府城，标志着台湾反割台斗争的结束。

刘永福内渡后，辗转抵达广州。两广总督谭钟麟立即准备安排他的职务，考虑到南澳镇与澎湖岛对照，刘永福再回本任“恐生枝节”，遂于十月初六日请示清政府是否可以让刘永福调任南韶镇总兵。然而，刘永福此时身心俱疲，上书请求开缺回籍调理。谭钟麟查明属实后，电呈清政府请旨。十一月十六日，清政府电谕准许刘永福开缺回籍，并命前任台湾镇总兵万国本补授南澳镇总兵。

日本驻华公使林董在报纸上读到这一消息后，向清政府提出抗议，要求追究刘永福抵抗日军的责任，但被清政府驳回。此后，刘永福便在钦州闲居养病

九、老骥伏枥

甲午战争后，帝国主义列强掀起瓜分中国的狂潮，清廷要求各地将军、督抚举荐“老于兵事，缓急可恃”的武官以抵御外侮。两广总督谭钟麟在光绪二十三年（1897年）冬敦请刘永福复出。刘永福赴广州谒见谭钟麟，被委任为军械局总办，月薪三百两。然而，光绪二十四年（1898年）初，刘永福辞职，并投入重建黑旗军的工作中。他回到南宁，在左右两江各府县招兵买马，从一万余人中挑选2000余人，组成了新的黑旗军（福字营）。在此期间，刘永福还曾两次调停民间械斗，显示了他在地方上的威望和影响力。

小主，

光绪二十五年（1899年）十月二十七日，清廷补授刘永福为河南南阳镇总兵。但刘永福以自己使用粤语、不通其他省份方言为由请求留在岭南，得到了清廷的批准。光绪二十六年（1900年）二月十四日，他与广东碣石镇总兵张铭新互调，碣石镇总兵成为他在清朝担任的最后一个官职。

上任后不久，刘永福就被派去广宁剿匪。同年七月，因八国联军入侵京津，清廷号召天下勤王，署理两广总督德寿决定派刘永福率黑旗军北上勤王。九月，刘永福行至湖南衡州。此时广州发生史坚如炸德寿事件，德寿急召刘永福回粤，严防革命党。同年冬天，刘永福移驻惠州，此时他对清政府倍感失望，萌生了“归隐山林，优游泉石”的想法。两广总督多次调他去镇压反清起义，他都反应消极，或应或不应。

黑旗军被一分为二，刘永福自领三营，其余三营驻扎广州或肇庆，逐渐脱离刘永福的管辖。光绪二十九年（1903年）九月，刘永福自请解散自领的三营，从此黑旗军不复存在。此后，他不断向两广总督岑春煊请求辞职，但岑春煊均未允诺。光绪三十三年（1906年），周馥署理两广总督后，刘永福再次请求辞职，周馥同意代奏。光绪三十四年（1907年）正月，清廷正式批准刘永福辞职。

刘永福回到钦州不久，就发生了革命党人刘思裕领导的三那人民反糖捐斗争，刘永福被清政府派去劝说刘思裕，但未成功。随后，反糖捐斗争演变为反清起义，起义失败后，刘永福曾庇护起义群众。在防城起义和河口起义中，刘永福均表示同情和支持，河口起义的指挥部就设在刘永福的内弟黄茂兰家。两广当局得知刘永福“通匪”的情况，便想借机收拾他。因此，在光绪三十四年（1908年）四月刘永福赴上思扫墓并处理已故部将吴凤典家中财产分配之争的过程中，他的五名护兵被上思同知蔡其铭无故杀害。刘永福便状告蔡其铭，但蔡其铭受到广西巡抚（后升两广总督）张鸣岐的庇护，故此案久拖不决。在此期间，刘永福为了避嫌，基本暂停了与革命党的往来。

宣统三年八月十九日（1911年10月10日），辛亥革命在武昌爆发，消息传到广东，张鸣岐加紧逮捕革命党人。刘永福因蔡其铭案的审理而身在广州，见时局动荡，便于九月初九日潜赴香港。九月十九日，广州光复，群龙无首，都督胡汉民邀请刘永福出任广东民团总长，以维持秩序、稳住局面。刘永福起初以年老推辞，但在胡汉民一再劝告下，最终同意出任。一个月后，他见事务繁多，大局稍定，便辞职回乡。

十、晚年

刘永福晚年定居在钦州三宣堂，过着较为平静的生活。他时常向乡亲们口述自己的回忆，这些珍贵的历史资料后来被整理成黄文澜（署名“黄海安”）的《刘永福历史草》和李健儿的《刘永福传》。尽管进入了民国时代，刘永福依然关心着国家的命运和发展。

民国元年（1912年），当刘永福得知《俄蒙协约》缔结的消息后，他内心充满忧虑，担心外蒙古的归属问题。为此，他在年底向大总统袁世凯发电，请求北上抗俄，收复外蒙古，展现了他强烈的爱国情怀。

到了民国四年（1915年）5月9日，当得知袁世凯接受了日本提出的“二十一条”大部分条款时，刘永福更是感到无比愤怒。他形容自己当时的心情是“愤慨填胸，白发怒举，面赤亮如重枣，目光如电欲射人”，并再次致电袁世凯政府，请求带兵抗日，表达了他不屈不挠的民族主义精神。

民国六年（1917年）1月7日，一向身体硬朗的刘永福突然感到身体不适，意识到自己大限将至。1月9日，他召集了儿孙，口授遗言。在遗言中，刘永福表达了对当时国内军阀混战和列强环伺的时局的深深忧虑。他告诫子孙们要“各宜发奋为雄”，秉承“强种主义”，积极投身军旅，报效国家，完成他未竟的心愿。他特别提到，如果有机会为国效力，应当全力以赴，不惜以铁血铸就山河，增强国力，使中华民族跻身世界强国之林。

刘永福还嘱咐子孙，如果不能获得重用，则应该上书大总统，呼吁重视人才选拔，远离小人，轻视物质利益，加强边防建设，谨慎决策，广泛搜寻山林中的贤才，吸引智谋健将。他强调要节约民力，充实国库，凝聚民心，威慑外敌，汇聚群策群力，以实现国家统一和繁荣。

最后，刘永福表达了自己对国家未来的美好愿望，希望看到“国基巩固，国势富强”，并表示如果能够实现这一目标，他将在九泉之下含笑以对。在留下这些肺腑之言后，刘永福离开了人世，结束了他八十年的传奇人生。