在治理国家方面，洪仁玕同样展现了他的才干。他修订了天国的历法，改革了考试制度，并积极参与处理外交事务。此外，他还接待了曾在海外留学的容闳，后者提出了一系列现代化建议，包括聘请外国专家、创办银行、建立专业学校以及建设现代化军队等。虽然洪仁玕对这些提议表示支持，但由于种种限制，最终未能将这些建议付诸实施。

四、兵败身死

咸丰十一年（1861年）初，洪仁玕率领太平军自天京出发，试图解救被清军围困的安庆。然而，这一战役并不顺利，洪仁玕的军队在安徽境内与清军多次交战，均告失利，最终被迫退守桐城。安庆最终失陷，洪仁玕因此被暂时革职，但不久后又被恢复职务。

到了同治元年（1862年），洪仁玕的权力开始减弱。这一年，洪秀全对洪仁玕在某些事务上的处理感到不满，命令他将所掌管的外交事务移交给章王林绍璋。这意味着洪仁玕在太平天国中的地位和影响力已大不如前。

同年五月，洪仁玕再次率军出击，前往支援安徽宁国府（今宣城县）。然而，此次军事行动同样未能取得预期的效果，宁国府最终落入清军之手。同治二年（1863年），洪仁玕被洪秀全赋予了辅佐幼天王洪天贵的任务。年底，他又被派遣出天京，催促各地太平军前来解天京之围，然而各地的军队多未响应这一号召。

到了同治三年（1864年）四月，洪仁玕集结了几支分散的太平军驻扎在安徽广德州（今广德县）。然而，六月十六日（阳历7月19日），天京城破，幼天王逃出天京向南撤退，洪仁玕迎接到幼天王，随后一同前往湖州（今吴兴县）与堵王黄文金会合。幼天王仍旧任命洪仁玕为军师。

在湖州，洪仁玕与黄文金商量放弃该地，转而前往江西，希望与侍王李世贤、康王汪海洋等人的部队会合，再进一步向西进入湖北，与扶王陈得才的大军联合，扰动荆襄地区，并计划夺取西安。然而，计划并未如愿进行。七月二十七日，洪仁玕、黄文金等放弃湖州向西进发，二十八日到达广德，随后转向浙江昌化县。此时，侍王等人的部队已向南移动，信息沟通中断。

八月初五日，黄文金在昌化病逝，这使得太平军的士气大为受挫。洪仁玕只好护送幼天王继续南下。九月初九日，他们到达江西石城县。当天晚上，清军席宝田部突然袭击，太平军全军溃散，洪仁玕不幸被捕，幼天王也在九月二十五日被俘。

被捕后的洪仁玕表现出了坚定的革命意志，他在自述中表示要效仿文天祥，誓为太平天国尽忠。最终，十一月二十三日，洪仁玕在南昌英勇就义，以一种悲壮的方式结束了自己波澜壮阔的一生。