然而，郝摇旗与南明地方官员的关系并不融洽。由于军饷短缺，郝摇旗采取了一些激进的措施来筹集军费，这导致了与南明地方政权的矛盾加剧。

顺治五年（1648年），清军再次进攻广西，郝摇旗派出精锐骑兵增援，但在兴安被清军包围，全军覆没。随后，郝摇旗在灵川再次被清军击败，对南明产生了怨恨。在撤退至桂林后，郝摇旗拒绝与南明将领留守桂林，并在撤退途中纵容部下掠夺财物。永历帝不愿接受郝摇旗的“护驾”，在脱离危险后离开了郝摇旗的部队，前往南宁。此后，郝摇旗部在广西、湖南、贵州三省交界地带继续活动，并与南明军队发生了多次摩擦。

三、立足夔东

顺治六年（1649年），随着何腾蛟在湘潭被清军俘获并处死，郝摇旗对南明永历小朝廷彻底失去了信心。他不再接受永历朝廷的调度，而是选择独自活动于贵州东南部的黎平府。面对清军的进攻，郝摇旗率军仓促应战，结果大败，被迫退往广西庆远，在广西与贵州交界地区活动。

不久之后，郝摇旗得知刘体纯等大顺军余部已经在湖广西山一带定居，于是他也前往湖广，与这些残部重新建立了联系，并在房县羊角寨建立了自己的根据地。当时，大顺军余部使用永历年号，并借故明封号以稳定民心，郝摇旗则在军中拥立明韩王朱本铉，同时与夔东一带的南明军保持合作。

顺治七年（1651年）十二月，郝摇旗被南明朝廷封为益国公。然而，顺治九年（1652年），当大西军领袖孙可望派人与大顺军余部联络时，郝摇旗并未像其他将领那样与孙可望修好，而是继续坚持奉韩王为主。他在西山十三家中实力最强，对外与清军作战也最为频繁。

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郝摇旗在这一时期主要活跃于郧阳府的保康、竹山、竹溪以及襄阳府的均县、南漳、光化、谷城等地。顺治九年（1652年）八月，郝摇旗率军渡江，突袭夷陵州，清军败退，郝摇旗部得以攻入夷陵。同年十一月，郝摇旗与刘体纯、袁宗第、拓天宝、党守素等合兵两万余人，攻破了竹山、竹溪，清军惊呼当地“二竹地方响应投贼，尽皆不为我有”。

顺治十年（1653年），郝摇旗部攻克了谷城屏风寨，并在铜山、茅坪屯兵。次年，郝摇旗再度攻克屏风寨，并与刘体纯部配合，在光化、均州、谷城一带活动数月，筹措军粮，打击清军。顺治十四年（1657年），郝摇旗率精锐骑兵袭击襄阳，一度控制该城，但很快在清军援军到来后撤离，退入南漳山中。

在与清军作战的同时，郝摇旗还积极与各地的抗清力量联系，扩大影响力。顺治十年七月，郝摇旗派遣总兵周中启、副将李良等人前往德安、随州一带组织队伍。顺治十一年正月，郝摇旗通过宋谦与陕西抗清军首领虞胤联络，并授权宋谦在河南、山西等地发展抗清力量。之后，郝摇旗与虞胤多次商议举事，并试图联络山西五台山的高鼎、太行山的牛光天等共同抗清。

郝摇旗还试图在占领区建立地方政权，设置“伪官”，刻印符信。尽管条件越来越艰苦，郝摇旗和他的部队仍然坚持“练兵屯垦”，在险要之地坚守阵地，抵御清军的招降。