天聪五年（1631年），皇太极仿照明朝制度设立了六部，阿巴泰被任命为工部的负责人。然而，他并不擅长处理繁杂的行政事务，这使得他在工部的工作表现不佳。皇太极对他的表现表示失望，并对其进行了批评。

天聪七年（1633年），阿巴泰奉命修筑兰磐城，并得到了皇太极的赏赐。同年，他率军攻打山海关，虽然俘获了数千人，但未能深入明境，这也受到了皇太极的责备。

天聪八年（1634年），阿巴泰跟随皇太极出征宣府，到达应州后，攻克了灵丘和王家庄两地。这一系列的军事行动进一步彰显了他的军事才能，并为清朝的扩张做出了重要贡献。

三、倍受冷落

崇德元年（1636年）四月，皇太极称帝并改元崇德，对宗室进行了大规模的封赏。在这个过程中，阿巴泰虽然被封为多罗饶余贝勒，但并未得到与其他幼弟如多尔衮、多铎一样的亲王封号，这让阿巴泰感到颇为不满。这种不满的情绪随着时间的推移而累积，阿巴泰对于皇太极始终未能给予他更高的爵位感到不悦。尽管如此，他仍旧在战场上发挥着重要作用。

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六月，阿巴泰同武英郡王阿济格等征明，攻克了一系列的堡垒和城市，包括雕鹗堡、长安岭堡，并逼近延庆州。他们先后攻克了定兴、安肃、容城、安州、雄县、东安、文安、宝坻、顺义、昌平等地，共经历了五十六次战斗，均取得了胜利。在这次战役中，他们还生擒了总兵巢丕昌等人，并派遣都统谭泰等设伏，斩杀了遵化三屯营的守将。清军出关时，还歼灭了在后面追击的明军，缴获了一百四十余匹马。捷报传来后，皇太极下令嘉奖阿巴泰，赐予他两匹马。九月，阿巴泰凯旋而归，皇太极亲自迎接。

十二月，皇太极亲征朝鲜，命令阿巴泰驻守噶海城，负责收集边民以防备敌军。次年二月，朝鲜投降，阿巴泰带领驻守在噶海城的军队返回沈阳。

崇德三年（1638年），皇太极讨伐喀尔喀，阿巴泰与礼亲王代善留守。期间，阿巴泰修筑了辽阳都尔弼城，并再次疏通了盛京至辽河的道路。多尔衮率军攻打明朝，以阿巴泰为副将，从长城口进入，越过北京，趋近涿州，直抵山西。之后，又向东直至山东临清，攻克了济南，并攻打天津、迁安等地，出兵青山关后退军。回到盛京后，阿巴泰被赏赐两匹马和五千两白银。

崇德四年（1639年），阿巴泰偕同阿济格攻打锦州、宁远。次年，即崇德五年（1640年），阿巴泰偕同多尔衮在义州屯田，并分兵攻克了锦州城西九台，收割了稻禾；又攻克了小凌河西二台。他还携同杜度设伏兵于宁远，截断明军的运输路线，夺取了大量粮食。之后，他又转移兵力打败了明军在杏山、松山的兵马。这一时期，清军频繁围攻锦州，阿巴泰多次在松锦之间来回行军。

崇德六年（1641年），阿巴泰因跟随多尔衮在距离锦州三十里的地方扎营，以及派遣士卒私自回家等罪过，论罪削爵，剥夺了他的一部分属民。然而，皇太极下诏宽恕了他，只罚了他两千两银子。同年，阿巴泰跟随皇太极大破洪承畴率领的十三万明军援兵，获得了五百七十匹马，并歼灭了数万敌军。