刘肇发现五经的解说有异义，而且在文字书写上也不一样，便命贾逵修理旧文字，于是永元八年（公元96年）许慎采集史籀、李斯、扬雄的书，广泛访问民间，请贾逵考证，历经二十多年撰写《说文解字》一书[] ，直至汉安帝建光元年（公元121年）着成并献于朝廷[] 。《说文解字》号称世界第一部字典[] ，为汉字建立了理论体系，开创了部首检字法的先河，对后世影响深远[] 。

永元十三年（公元101年），刘肇亲自到东观，阅览书林典籍，广选有技艺的人到东观任职。[] 刘肇还让左右近臣皆诵读诗书，宫中尚学之风浓厚。

改革策试

在东汉的察举制中，人才多源，但公、私学校出身的经生是主要来源。其中，太学是最重要人才培养机构。太学生的素质会直接影响察举人才的素质，故若要从源头上保证人才选举不乖实，则首先需革除太学积弊。[]

永元十四年（公元102年）十一月，司空徐防针对太学的情况提出了策问改革的建议。他上书批评太学学风“不依章句，妄生穿凿，以遵师为非义，意说为得理”。而“私相容隐，开生奸路”的情况更加重了太学的浑浊。基于此，徐防建议改变博士策问的内容：“臣以为博士及甲乙策试，宜从其家章句，开五十难以试之。”刘肇采纳了他的建议。[]

这一被称为“永元改革”的变革推行后，太学策试的形式应该发生了较大变化，开始侧重章句家法。这项改革深刻地改变了当时的学术形态，使得经书文本开始标准化，新型的小章句形式的经注开始流行，经注开始注重内在统一性和体系性。[]

推行汉礼

元和三年（公元86年）博士曹褒上疏请定汉礼，称“宜定文制，着成汉礼”；但太常巢堪认为“一世大典，非褒所定，不可许。”但汉章帝仍拜曹褒侍中，准其奏请。次年（公元87年）曹褒遵照旧典，杂以《五经》《谶记》之文，撰次天子至于庶人冠、婚、吉、凶终始制度凡一百五十篇，上奏朝廷。汉章帝采纳。

永元三年（公元91年）春，正月，甲子，汉和帝刘肈正式采用曹褒新礼，加元服；同时提拔曹褒为监羽林左骑。

科技

改进军械

刘肇即位后，任命蔡伦为尚方令，主管皇宫制造业，并于永元九年（公元97年）监作秘剑及各种器械，无不精致工巧、坚固致密，被后世效仿。蔡伦大幅度改进了制作工艺，达到极高水准，并长期居于技术的顶峰。后来崔寔在《政论》中写道：“有蔡太仆之弩（十字弓），及龙亭九年之剑，至今擅名天下。”[] []

改进漏刻，统一时间